Un homme nommé Cedric essaye de prendre le travail de Merlin en devenant le serviteur d'Arthur, mais Merlin découvre que son but réel est d'obtenir un bijoux d'un temple qui vient d'être découvert. semblant appartenir à Cornelius Sigan, qui avait juré de revenir à Camelot pour la détruire.

Aidé par Merlin et Gwen, Arthur dissimule son identité pour participer à un tournoi de joutes mais il y a un chasseur de prime qui fait la même chose pour atteindre Arthur.

Les cauchemars de Morgane recommencent. Gaius décide alors de lui cacher la vérité. Comme à son habitude, Merlin n'écoutera pas Gaius et il fera tout son possible pour venir en aide à son amie. Va-t-il révéler son propre secret à Morgane ?

Gwen est kidnappée à la place de Morgane par Hengist Le Sauvage. Uther refuse de payer la rançon et Arthur veut aller en territoire ennemi pour la délivrer. Merlin se doute qu'il y a bien plus de sentiments entre Arthur et Gwen, bien plus qu'un Prince ne peut avoir pour une servante. Comment Arthur réagira-t-il quand il verra que Gwen n'est pas seule ? Lancelot est lui aussi de la partie.

Dame Catrina, avec son étrange serviteur Jonas, est accueillie au coeur de Camelot. Elle jette son dévolu sur le Roi Uther qui tombe sous son charme. Merlin a un doute sur sa véritable origine, sa magie sera-t-elle plus puissante que celle de l'ennemie ?

Uther est déterminé à éradiquer définitivement la magie de son Royaume, il ne fait plus confiance à personne. C'est pour cela qu'il convoque le chasseur de sorcières le plus redouté de son Royaume, Aredian, un homme terrifiant qui ne reculera devant rien pour découvrir qui pratique la sorcellerie. Morgane pense qu'Aredian pourrait remonter jusqu'à elle.

Un mystérieux guerrier défie Arthur en duel, et personne ne pouvait prédire la suite dévastatrice des événement, pas même Arthur lui-même. Arthur et Merlin se retrouvent vite dans une quête étrange à la demande de la belle Morgause. Grâce à elle, Arthur découvre un sombre secret qui menace de provoquer la chute du Royaume.

Quand Merlin découvre une druidesse, du nom de Freya, prise au piège dans la cage d'un chasseur de prime, il sait qu'il doit l'aider à s'échapper. Gaius le met en garde contre toute complicité, mais Merlin refuse d'écouter et l'héberge dans les tunnels sous Camelot. Mais avec un chasseur de prime et une bête féroce à ses trousses, Freya ne peut pas rester cachée bien longtemps.

Des dignitaires des royaumes rivaux rendent visite à Camelot pour des pourparlers de paix, mais ce que le Roi Alined veut vraiment, c'est la guerre, et il fera tout ce qui est en son pouvoir pour attiser les hostilités, même utiliser de la magie. Trickler jette un sort à Arthur pour le faire tomber éperdument amoureux de la fille du Roi Olaf, Viviane.

Uther conserve une précieuse relique de l'Ancienne Religion, enfermée dans une crypte du château de Camelot. Beaucoup ont perdu la vie en tentant de récupérer le Cristal de Neahtid. Mais l'impitoyable sorcier Alvarr pourrait réussir là où ils ont échoué. Alvarr possède une arme secrète... Mordred. Morgane a toujours partagé un lien puissant avec le jeune druide, mais ira-t-elle jusqu'à voler et trahir pour lui?

Lorsque les feux d'Idirsholas brûlent à nouveau pour la première fois depuis 300 ans, Gaius redoute qu'un sorcier n'ait ramené à la vie les terribles Chevaliers de Medhir. Arthur et ses Chevaliers, accompagné par Merlin, chevauchent pour faire face aux chevaliers surnaturels, mais ils sont rapidement dominés. Le Prince et le jeune magicien sauvent leurs vies de justesse. Quand ils arrivent à Camelot, ils découvrent que tout le monde est sous l'emprise d'un étrange enchantement.

Quand le Grand Dragon s'échappe de sa prison sous Camelot, il décide de prendre sa revanche sur Uther. Alors que le château s'écroule et qu'Arthur et ses Chevaliers semblent vaincus, Gaius comprend que seul un Dragonnier pourrait les sauver. Cependant, la plupart des gens ont été anéantis. Un seul est, selon Gaius, peut-être encore en vie. Merlin et Arthur trouveront-ils Balinor avant qu'il ne soit trop tard?